「森林のCO2吸収量及び生物多様性保全と森林管理・経営レベルの認定」（以下、「フォレストック認定」といいます。）制度は、平成20年8月に社団法人日本林業経営者協会（※2）により、京都議定書目標達成計画に示されるわが国の森林吸収源の上限値1300万炭素トンの達成のために、間伐等の実施による森林整備速やかに行うことに留まらず、将来に渡ってわが国の森林管理レベルを向上させる必要があると考え、森林吸収源の価値を森林保全に還元する仕組みを創ることを目的として創設されたものです。
その制度設計にあたっての調査検討は、森林吸収源及び生物多様性保全と森林管理・経営面について一定レベルの機能を果たすこととなる森林を対象として、その評価・認定方法等を定め、信頼性及び透明性の高い制度とするべく、三井物産環境基金の支援による研究事業（「循環型社会に資する日本型森林管理・経緯瑛モデルの構築」）（※3）の一環として実施され、森林問題に造詣の深い学識者や林業、木材産業関係者等のメンバーにより構成された「森林吸収源検討会」を設置して行われました。
平成20年8月に社団法人日本林業経営者協会（以下、「日本林業経営者協会」といいます。）により創設されたフォレストック認定制度は、平成21年3月以降、同協会及び同協会内部に設置されたフォレストック運営管理委員会が、その制度趣旨・目的に沿って支障なく制度全般の運営管理業務を行ってきました。
第三者機関である森林吸収源検討会は、日本林業経営者協会に対し、平成22年3月2日、(1)その後のフォレストック認定制度における認定、CO2吸収量クレジットの販売、認知、普及等をより一層速やかに、かつ、大幅に拡大させるためには、フォレストック認定制度の信頼性、確実性、透明性、公平性、安心感等のさらなる向上を図ることが必要であり、そのために必要となる評価基準（「森づくりにおける森林吸収源・生物多様性評価基準」）・調査仕様の改善拡充、登録簿・無効化の整備管理、モニタリングの強化徹底、ホームページ等を含めた情報提供の拡充、バッファー規定、バンキング規定等の導入、CO2吸収量クレジットの販売制度の改善整備等の制度全般の整備及びその運営管理業務全般について、人的及び財政的な基盤を持つ新たな独立した組織が担うことが望ましい旨、(2)平成22年4月1日以降は、新設・独立の組織としての一般社団法人フォレストック協会（－当協会）が日本林業経営者協会及びフォレストック運営管理委員会から、フォレストック認定制度の運営管理業務の全てを移管し、当協会が制度の一層の整備充実、評価基準の継続的な改善に努めるべきである旨の報告を行いました（※4）。
平成22年4月1日、日本林業経営者協会は、森林吸収源検討会の上記報告を受け、フォレストック認定制度を当協会に移管したうえで、当協会は、日本林業経営者協会の継続的な協力を得ながら、従来の制度の一層の整備を行った上で、新しいフォレストック認定制度の運営・管理をスタートさせました。