フォレストック認定制度では、フォレストック認定を取得した後の対象森林のCO2吸収量クレジットならびに生物多様性レベル等の変化を確認することを目的として、モニタリングを実施します。特に、対象森林が認定時点の状態と大きく変化していないか、例えば、自然災害の影響やフォレストック協会に申告していた以上の主伐実施等を確認します。このモニタリング過程は、CO2吸収量クレジットの購入者に対して、対象森林のCO2吸収量クレジットならびに生物多様性レベル等の変化を確認したことの説明責任を果たす為に不可欠なものです。モニタリングは、1年毎の「定時モニタリング」、対象森林の評価やCO2吸収量クレジット等に大きな変化があると想定される場合等に必要に応じ臨時に実施される「臨時モニタリング」及びフォレストック認定が更新されず終了した後に行われる「フォレストック認定期間終了時のモニタリング」があります。
また、森林所有者は、6カ月毎に対象森林での施業の実績を書面で森林認証機関及びフォレストック協会に報告して頂くことになります（「施業実績報告書」の提出。認定初年度は認定日から4カ月後の日、以後、6カ月毎に提出頂きます。）。そして、森林認証機関は、施業実績報告書の内容を確認し、その結果をフォレストック協会に報告します。これを「6カ月報告」といいます。
フォレストック認定日又は定時モニタリング日から6カ月後の日までに、森林認証機関が、森林所有者から事前に提出された「施業実績報告書」の記載等に基づいて、直前半年間における対象森林の森林状況、施業実施の状況を確認し、フォレストック協会に対して、臨時モニタリングの必要性の有無について報告します。
フォレストック認定日より毎年1年毎の応答日を「定時モニタリング日」とし、森林所有者が森林認証機関及びフォレストック協会に対し、フォレストック認定日（2年度目の場合）又は前回の定時モニタリング日（3年度目以降の場合）から10カ月後の日までに、次回の定時モニタリング日から1年間の主伐予定量を記載した「主伐予定量申告書」、対象森林の森林状況及び施業実施の状況等に関し直前半年間を対象にした「施業実績報告書」を提出したうえで、森林認証機関により必要に応じ現地調査を受け、対象森林のCO2吸収量クレジットならびに生物多様性レベル等の変化を確認するとともに、定時モニタリング日以降前後1年間の対象森林のCO2吸収量クレジットを算定し又は確定することをいいます。
フォレストック認定期間中、モニタリングが必要と判断される事態（自然災害に伴なう伐採など）が発生した場合、森林認証機関等の報告を受け、フォレストック協会の判断により行われる、臨時のモニタリングです。臨時モニタリングにより、CO2吸収量クレジットが減少する事態が発生していないかどうかを確認します。
5年間の認定期間終了後にフォレストック認定の更新を行わない対象森林で、かつ認定期間中にCO2吸収量クレジットの販売を行った対象森林についてのみ行うものです。 該当する森林所有者は、フォレストック認定期間終了時に森林認証機関及びフォレストック協会に対し、対象森林の森林状況及び施業実施の状況等を「施業実績報告書」にて提出し、森林認証機関による調査を受け、対象森林のCO2吸収量クレジットならびに生物多様性レベル等の変化を確認します。