フォレストック認定制度では、正確性・論理性・専門性・中立性・第三者性等を確保するため、フォレストック協会が認める「森林認証機関」によるフォレストック認定のための調査及び同報告書・証明書の作成、フォレストック協会への提出及びモニタリング時の調査及び同報告書の作成が義務付けられています。また、同様にフォレストック協会が認める「審査機関」による審査・検証認定書の発行が義務付けられています。
フォレストック協会では、現在以下の森林認証機関及び審査機関を認めています。
フォレストック認定制度森林認証機関等設定基準
フォレストック森林認証機関資格申請書(平成27年9月1日)
フォレストック審査機関資格申請書(平成27年9月1日)